สมเด็จพระจักรพรรดินีเออเชนีเดอมองติโคประสูติในวันที่ 5 พฤษภาคม พ.ศ. 2369 ที่แคว้นเกรนาดา ประเทศสเปน เป็นบุตรีของคาร์เปียโน เดอ พาลาฟอก ยี ปอร์โตคาเรโร เคานท์แห่งมอนติโจ กับมาเรีย มานูเอลา เคิร์กเพทริค เคานท์เตสแห่งมอนติโจ

พระเชษฐภคินีของพระนางคือ มาเรีย ฟรานซิสกา เดอ ซาเลส ปอร์โตคาเรโร เดอ พาลาฟอก เคิร์กเพทริค เป็นที่รู้จักกันในนาม พาคา (Paca) ผู้ซึ่งสืบต่อมรดกของตระกูลและเป็นดัสเซสแห่งพานาเรนดา แกรนด์ดีแห่งสเปนและเคานท์เตสแห่งมอนติโจ ในพิธีอภิเษกสมรสของพระนางยูเจนีทรงใช้พระยศ เคานท์เตสแห่งเทบาหรือเคานท์เตสแห่งมอนติโจ แต่ยังเป็นที่ถกเถียงว่าตำแหน่งเคานท์เตสแห่งมอนติโจนั้นเป็นตำแหน่งของพระเชษฐภคินีของพระนาง ส่วนตำแหน่งเคานท์เตสแห่งเทบานั้นพระนางทรงได้รับมาหลังจากพระบิดาของพระนางสิ้นพระชนม์

พระนางยูเจนี เดอ มอนติโจ กลายเป็นที่รู้จักในฝรั่งเศส พระนางได้ศึกษาในปารีส ณ สำนักชีที่ล้ำสมัยในสมัยนั้นคือ บาซิลิกาแห่งซาแคร์ โคอูล (Sacré Cœur) ที่ซึ่งพระนางได้รับการศึกษาในแบบคาทอลิก เมื่อเจ้าชายนโปเลียน หลุยส์แห่งฝรั่งเศสกลายเป็นประธานาธิบดีแห่งสาธารณรัฐฝรั่งเศสที่ 2 พระนางและพระชนนีได้ไปแสดงความยินดีที่พระราชวังอีลีซี ที่นั่นที่พระนางได้พบกับจักรพรรดิในอนาคต ผู้ซึ่งพระนางได้สมรสด้วยในวันที่ 30 มกราคม พ.ศ. 2396 เจ้าชายนโปเลียนปฏิเสธแผนการที่จะสมรสกับเจ้าหญิงคาโรลาแห่งวาซาซึ่งต่อมาคือสมเด็จพระราชินีแห่งแซกโซนีและเป็นพระนัดดาในพระเจ้ากุสตาฟที่ 4 อดอล์ฟแห่งสวีเดน และทรงปฏิเสธเจ้าหญิงอเดลเฮดแห่งโฮเฮนโลเฮ-ลานเกนเบิร์ก พระราชนัดดาในสมเด็จพระราชินีนาถวิกตอเรียแห่งสหราชอาณาจักร